Různost
Školní sexuální výchova bere v potaz i odlišné sexuální orientace. Zejména homosexualitu nevnímá jako deviaci, ale jako vrozenou a rovnocennou orientaci. Pro lidi s touto orientací bývá období dospívání často náročné, mohou se potýkat s předsudky okolí, nepochopením i vlastní nejistotou. Škola má proto představovat prostor, který poskytne věcné informace i korekci předsudků. Výbor na obranu rodičovských práv má jiný pohled: „My, rodiče, se řídíme zdravým selským rozumem a staletím osvědčenou praxí, že sexualita patří do manželství, které je svazkem mezi mužem a ženou, a jen v tomto trvalém a láskyplném vztahu mohou vyrůstat fyzicky i psychicky vyrovnané děti. Sexuální život lidí, kteří se odchylují od této normy, není třeba propagovat, natož v základní škole.“
Rodiče, učitelé, žáci
Odpůrci sexuální výchovy zdůrazňují práva rodičů rozhodnout se sami o výchově svého dítěte. „Je normální, že máte ostych o těchto věcech mluvit se svými dětmi. Přesto to dělejte! Nejhorší je vzdát se svých rodičovských práv a rozhodování a nechat děti na pospas anonymním lidem bez zábran. Těm nedělá potíže s dětmi o těchto věcech mluvit – nezáleží jim totiž na nich. Budete to však vy, kdo by musel řešit pohlavní nemoci, těhotenství a psychická zranění, které by si vaše děti mohly nést do života. Chraňte své děti před negativním vlivem lidí bez morálky!“ vyzývá Výbor na obranu rodičovských práv na svých stránkách v odpovědi na otázku „Jak zabránit sexuální výchově na škole Vašich dětí?“ Jako by učitelé a autoři metodických příruček byli nutně anonymní lidé bez zábran a morálky, zatímco všichni rodiče se stejnou jistotou hluboce morální a opatrující.
Stoupenci sexuální výchovy naopak zdůrazňují, že rodina by neměla mít naprostou nadvládu nad dětmi, které mají právo se dozvídat ve škole různé informace. I děti rodičů, kteří si myslí, že nejsou z opice, se učí Darwinovu teorii, proč by se tedy potomci stydlivých či prudérních rodičů neměli učit sexuální výchovu? Odpůrci sexuální výchovy také kritizují otevřenost výchovy k hormonální antikoncepci bez zdůraznění jejích škodlivých vlivů a obviňují některé sexuology, že jdou na ruku farmaceutickým firmám. V tom by asi měli stoupenci sexuální výchovy dát svým oponentům za pravdu. Firmám skutečně jde z definice o zisk a škola by měla být protiváhou mimo jiné farmaceutickým lobby.
V mediální debatě prakticky nedostává prostor hlas těch, o kterých se rozhoduje, hlas mládeže školou povinné. Chce sexuální výchovu, anebo jí vadí? Na Facebooku vzniklo proti vytlačení sexuální výchovy ze škol několik skupin, mají ale relativně málo členů. Je tedy těm, kterých se diskuze nejvíc týká, spor lhostejný? Anebo se jich prostě nikdo nezeptal?
Informace
Obhájci sexuální výchovy zdůrazňují význam přesných informací o sexualitě. Ty mohou podle sexuologů přispět ke snížení počtu nechtěných těhotenství, omezit nákazu virem HIV a vést k zodpovědnějšímu sexuálnímu chování včetně pozdějšího začátku sexuálního života.
Podle svých odpůrců může mít předčasný přenos informací negativní následky. Povede podle nich k sexuální nevázanosti a masturbaci, která podle brožury Důvody, proč neučit sexuální výchovu „představuje významnou deviaci v normálním civilizovaném pohlavním vývoji“ a „oslabuje charakter a předem vylučuje vývoj zralé a vyspělé osobnosti“. Následkem sexuální výchovy prý může být i nymfomanie, jež měla prý v minulosti za následek dokonce „četné případy gangsterství, prostituce a kriminality“.
Čistota
Stoupenci sexuální výchovy vnímají jako realitu situaci, kdy většina současných příslušníků západních společností vystřídá během svého života více partnerů. Včasné podání vhodných informací v rámci sexuální výchovy pak má připravit děti na vlastní zodpovědnost a rozhodování. Odpůrci sexuální výchovy odmítají, aby se informace o sexualitě předávaly bez spojení s výchovou k jasným etickým postojům, tedy k sexuální zdrženlivosti a manželské věrnosti. Podle jejich brožury se první pohlavní styk do ženy otiskne, „zanechá v ní trvalý dojem, který už nikdy nebude k dispozici jinému muži.“ Žena je prý od přírody nadána jistou kvalitou, kterou odevzdá muži, a to pouze jedenkrát. Toto prvotní odevzdání ji poznačí na celý život, a pokud její první sexuální partner není jejím manželem, její budoucí manželský sex bude narušen pochybnostmi a pocity viny. Je tedy zřejmé, že muž nechce, „aby si jeho snoubenka přinášela do manželství vzpomínky na pohlavní styk s jiným mužem.“ Brožura se ovšem nezabývá tím, co by chtěla žena, aby si do manželství přinášel či nepřinášel její snoubenec.
Intimita
Probírání intimních otázek společně se spolužáky a ve třídě s učitelem může být pro žáky a studenty stresující, vést k rozpakům nebo i traumatům. Odpůrci sexuální výchovy proto zdůrazňují, že zejména stydlivé děti může výuka založená na otevřené diskusi ztrapňovat v kolektivu.
Obhájci sexuální výchovy tuto kritiku zčásti uznávají a zdůrazňují, že klíčový je citlivý a individuální přístup. Jak říká pedagog Pavel Petrnoušek, spoluautor té části materiálů k sexuální výchově, které jsou někdy kritizovány za přílišné vtahování žáků do mluvení o intimních tématech: „Kurzy probíhají v atmosféře vzájemné důvěry, respektu, pohody, otevřenosti a mají svá jasná a společně schválená pravidla. Jedním z nich je, že nikdo nemusí odpovídat nebo se zapojovat do aktivit, které mu připadají příliš intimní, tzn. každý má právo říct ne. Toto pravidlo žáci dokážou použít, aniž by se jim kdokoli posmíval nebo je nutil odpovídat.“